คณะอุตสาหกรรมเกษตร มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2535 ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา ลงวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2535 เป็นคณะที่ 13 ของมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ และต่อมาปีพ.ศ. 2542 ได้ย้ายที่ทำการคณะฯมาที่สถานีวิจัยและฝึกอบรมการเกษตรแม่เหียะ ต.แม่เหียะ อ.เมือง จ.เชียงใหม่ ในปี พ.ศ.2536 คณะรัฐมนตรีมีมติกำหนดให้สาขาอุตสาหกรรมเกษตร เป็นสาขาขาดแคลน เนื่องจากรัฐบาลได้เห็นว่าอุตสาหกรรมเกษตรเป็นแนวทางที่สำคัญแนวทางหนึ่งที่จะช่วยพัฒนาคุณภาพชีวิตของเกษตรกร

คณะอุตสาหกรรมเกษตร มีปณิธานในการดำเนินงาน คือ มุ่งเน้นการผลิตบัณฑิตให้มีคุณภาพ และมีจิตสำนึกที่ดีต่อสังคม เป็นสถาบันการศึกษาที่เน้นการวิจัยในเชิงเอกลักษณ์ของภาคเหนือ

นอกจากนี้ยังมุ่งเน้นการเป็นสถาบันวิชาการทางอุตสาหกรรมเกษตรที่มีความเป็นสากล สร้างความร่วมมือทางวิชาการระหว่างองค์กรภาครัฐและภาคเอกชน ทั้งในระดับประเทศและระดับนานาชาติ โดยมี รองศาสตราจารย์ ดร.ยุทธนา พิมลศิริผล ดำรงตำแหน่งคณบดี ในปัจจุบัน

พ.ศ. 2515 เปิดสอนในสาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร สังกัดภาควิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่

พ.ศ. 2533 เริ่มโครงการจัดตั้งคณะอุตสาหกรรมเกษตร โดยระยะแรกได้ใช้อาคาร ภาควิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ตั้งแต่วันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ.2533 - วันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2537

พ.ศ. 2535 จัดตั้งเป็นคณะ ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 109 ตอนที่ 120 ลงวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2535 เป็นคณะที่ 13 ของมหาวิทยาลัยเชียงใหม่

พ.ศ. 2536 คณะรัฐมนตรีมีมติกำหนดให้สาขาอุตสาหกรรมเกษตรเป็นสาขาขาดแคลน
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร

พ.ศ. 2537 ย้ายสำนักงานจากอาคารภาควิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร คณะเกษตรศาสตร์ มาขอใช้อาคารบัณฑิตวิทยาลัย เป็นสำนักงานชั่วคราว ตั้งแต่วันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2537 – วันที่ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2542
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาตรี
- สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพทางอุตสาหกรรมเกษตร
- สาขาวิชาวิศวกรรมกระบวนการอาหาร

พ.ศ. 2538 เปิดสอนหลักสูตรปริญญาตรี
- สาขาวิชาเทคโนโลยีการพัฒนาผลิตภัณฑ์

พ.ศ. 2539 เริ่มก่อสร้างอาคารเรียนและปฏิบัติการ ณ สถานีวิจัยและฝึกอบรมการเกษตรแม่เหียะ เมื่อวันที่ 3 กันยายน พ.ศ. 2539 และสร้างแล้วเสร็จ เมื่อวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2541

พ.ศ. 2542 ย้ายคณะอุตสาหกรรมเกษตร ไปอยู่ที่สถานีวิจัยและฝึกอบรมการเกษตรแม่เหียะ เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม พ.ศ. 2542 – ปัจจุบัน
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาตรี - สาขาวิชาเทคโนโลยีการบรรจุ
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท - สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ (สาขาร่วม)

พ.ศ. 2543
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาเอก
- สาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ (สาขาร่วม)
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร

พ.ศ. 2544
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท (แผน ข. ภาคพิเศษ)
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร

พ.ศ. 2545
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท (แผน ข. ภาคพิเศษ) สาขาร่วม (ร่วมกับคณะบริหารธุรกิจ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่)
- การจัดการอุตสาหกรรมเกษตร

พ.ศ. 2549
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาตรี
- สาขาวิชาเทคโนโลยีผลิตภัณฑ์ทางทะเล
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท
- สาขาวิชาการพัฒนาผลิตภัณฑ์อุตสาหกรรมเกษตร
- สาขาวิชาวิศวกรรมกระบวนการอาหาร

พ.ศ. 2557
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท สาขาวิชาวิศวกรรมกระบวนการอาหาร เพื่อเป็นแขนงวิชาของสาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร

พ.ศ. 2558
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร (หลักสูตรนานาชาติ)

พ.ศ. 2560
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาเอก
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร (หลักสูตรนานาชาติ)

พ.ศ. 2561
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาโท
- สาขาวิชาเทคโนโลยีการบรรจุ

พ.ศ. 2565
เปิดสอนหลักสูตรปริญญาตรี
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร (หลักสูตรนานาชาติ)
- สาขาวิชาเทคโนโลยีผลิตภัณฑ์ทางทะเล เปลี่ยนชื่อเป็น “สาขาวิชาเทคโนโลยีและนวัตกรรมผลิตภัณฑ์อาหารทะเล”